NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해(3)
NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해(3)
  • 온라인뉴스팀
  • 승인 2020.11.11 11:15
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NGS 결과 해석 및 보고

지난편 NGS 기반 유전자 검사의 이해(2)-분석 알고리즘-에 이어, NGS 결과 해석 및 품질 관리에 대해 살펴보기로 한다. 

출처: 게티이미지뱅크
출처: 게티이미지뱅크

 

NGS 결과 해석 및 보고

 

NGS 검사에서 가장 중요한 단계는 NGS에서 발견된 수많은 변이 중에서 환자의 질환과 연관이 있는 변이를 찾아내고 이를 최종적으로 해석하여 보고하는 것인데, 여러 의학적 근거와 환자의 임상양상을 토대로 판단해야 하기 때문에 가장 어려운 단계이기도 하다.

미국의학유전학회(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)에서는 정확하고 객관적인 보고를 위해 선천성 생식세포(germ-line) 돌연변이 해석 기준을 제시하였다.

ACMG가 제시한 변이 분류의 5단계는 다음과 같다.

 

-. Pathogenic : 병적인

-. Likely Pathogenic : 병적일 가능성이 의심되는

-. Uncertain significance : 의의가 불명확한

-. Likely Benign : 정상 다형성일 가능성이 높은

-. Benign : 정상 다형성

 

암 체세포 돌연변이는 미국 분자병리학회(Association for Molecular Pathology, AMP) 및 미국 임상종양학회(American Society of Clinical Oncology, ASCO) 에서 제시한 가이드라인을 따르도록 되어 있으며 종양의 진단과 예후 그리고 치료에 관련된 임상적 연관성의 정도에 따라 4개의 단계(tier)로 분류된다.

 

 

NGS 검사의 품질 관리(quality control, QC)

 

NGS 검사실에서는 검사의 질을 유지하고 향상시키기 위한 체계적인 질 관리 프로그램이 있어야 하며, 검사 실험 과정(wet bench process) 및 생물정보학(bioinformatics) 분석 과정(dry bench process) 모두가 해당된다.

검사 전 영향인자 및 오류, 간섭을 확인하고 NGS 검사 시행 전 표준 물질로 검증(validation)을 하며 정확도, 정밀도, 분석적 민감도, 분석적 특이도 등 성능평가를 하여야 한다. 또한 여러 가지 질관리 지표를 확인하고 매번 검사 때마다 정도관리를 해야 한다.

중요한 질관리 지표 중 하나는 시퀀싱 깊이(depth of coverage)로서 이는 특정한 위치에 시퀀싱 리드가  몇 개가 분석되었는지에 대한 지표로서 흔히 × 기호로 표시한다. 예를 들어 특정 위치를 포함하는 시퀀싱 리드가 10개이면 시퀀싱 깊이는 “10×”로 표현한다. 확률적으로 시퀀싱 오류(error)를 배제하고 정확한 유전형을 알기 위해서는 충분한 수의 시퀀싱 리드가 필요하다.

 

NGS 검사를 임상 검사로 적용하기 위해서 우리나라에서는 한국유전자검사평가원, 대한임상정도관리협회 등에서 NGS 검사에 대한 정도관리를 시행하고 있다.

 

출처:
시퀀싱 깊이의 개념 및 변이검출의 정확도와의 연관성 (출처:식품의약품안전평가원)

 

*다음편에서는 NGS검사의 임상적 응용에 대해 살펴보기로 한다.

 

(*"이 「차세대염기서열분석 해설서」는 식품의약품안전처에서 수행한 연구사업인 「바이오의약품 허가심사 역량강화를 위한 NGS 기술 기반 유전체 검사법 조사연구」(연세대학교 이승태 2019) 연구를 수행하며 획득한 정보를 관련 분야 연구자와 심사관련 종사자에게 제공하기 위한 목적으로 작성되었다. 여기에 제시된 정보는 앞으로 관련 분야의 과학기술 발전에 따라 변경될 수 있으며, 식약처의 정책이나 심사 방향과는 다를 수 있음을 밝힌다.")

[바이오타임즈=온라인뉴스팀] webmaster@biotimes.co.kr


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